生物技术专业是以生物学理论的应用策略、应用技术、应用过程为研究核心的一个实践性理科专业，是将生物科学基础理论成果转化为应用价值的技术和产品的枢纽和桥梁。交叉性、前沿性、实践性和新颖性是生物技术专业的特点。合肥工业大学生物技术专业于2001年开始招生，具有雄厚的师资力量和实验条件，建有“生物学”一级硕士点及“生物与医药”硕士授权点。专业建设采取“以人才培养为中心，以学科建设为导向，突出科学研究，强化师资队伍”的发展模式。

本专业结合合肥工业大学“创新创业能力强”的人才培养特色，针对国家经济发展需要，紧扣行业发展，坚实的生物学基础之上，突出基因工程、细胞工程、发酵工程、生物信息学等学科的理论和技术训练，专业人才培养课程体系满足社会和行业需求，并形成“生物基础厚、实践能力优、创新意识强、理工结合，紧扣行业、支撑发展”的专业特色。